Die Tradition der Kinderheilstätte als soziale Einrichtung entstand vor über 450 Jahren. Am 20. Dezember 1556 gründete der Ritter Gerhard von Morrien eine Armenstiftung. Im Jahr 1730 beschloss Ferdinand von Plettenberg den Bau eines Armenhauses in Nordkirchen, das in den Jahren 1730 bis 1732 von Johann Conrad Schlaun errichtet wurde.

Rund 150 Jahre später wurde das Armenhaus zum Krankenhaus umgebaut. Einen ersten Bildungsauftrag erhielt die Stiftung im Jahr 1891 mit Gründung und Eröffnung einer „Kinderbewahrschule“. Am 1. November 1921 wurde das gesamte Stiftungsvermögen dem Caritasverband für die Diözese Münster e. V. übertragen, der in den Folgejahren zahlreiche Sanierungs- und Erweiterungsmaßnahmen durchführte. So entwickelte sich die Einrichtung zum Fachkrankenhaus für tuberkulosekranke Kinder und Jugendliche – gleichzeitig entstand der heutige Einrichtungsname „Kinderheilstätte“.

Im Jahr 1965 vollzog die Kinderheilstätte den Wandel vom Tuberkulose-Krankenhaus zur Behindertenhilfeeinrichtung. Am 16. März 1965 wurden die ersten Kinder mit Behinderungen aufgenommen. Die letzten Patienten mit Tuberkulose-Erkrankungen verließen die Einrichtung am 12. Januar 1968. Seither unterhält die Kinderheilstätte ein vielfältiges Angebot an ambulanten, teilstationären und stationären Hilfen für Kinder und Jugendliche mit Entwicklungsbesonderheiten und Behinderungen.